Добрый день!
Лучше ставить код НН, поскольку документа основания - больничного, пока нет. Это юридически точно. Иногда ставят выходы (коды Я). Это также можно, хоте и не безупречно. Затем Вы сделаете расчет зарплаты за истекший месяц и перейдете к следующему месяцу. В наступившем месяце сотрудник принесет больничный, в котором будет указан частично прошлый и месяц и наступивший месяц. Программа автоматически учтет и ту и другую часть месяца, причем для прошлого месяца она сторнирует дни отсутствия и заменит это время больничным.
это видно по суммированному табелю сотрудника.
Далее эта информация передается в приложение "Зарплата" и там будет рассчитана зарплата за текущий месяц + то, что полагается про предшествующему месяцу.
Поскольку для предыдущего месяца все равно дни болезни будут сторнированы и заменены днями больничного, то технически можно указывать не только НН, но и Я, но точнее - именно НН. Когда в табеле применяются коды отпусков, больничных, командировок, то по общему правилу для этого у расчетчика на руках должны быть соответствующие документы. От этого следует и исходить.